정부는 지난 1999년 환경적 변화에 발맞추어 ‘책임운영기관의 설치․운영에 관한 법률’(법률 제5711호, 1999.1.29)을 제정하여, 2000년부터 정부업무 중 공공성을 유지하면서도 경쟁원리에 따라 운영하는 것이 바람직한 사무에 대하여는 기관장에게 행정 및 재정상의 자율성을 부여하고 그 운영성과에 대해 책임을 지도록 하는 책임운영기관제도를 도입한 바 있다. 그 후 필요에 따라 몇 차례의 일부개정과 최근의 전면개정(법률 제7770호, 2005.12.29)을 통하여 보완을 해오고 있다. 당초 2000년에 9개 부처의 10개 기관, 2001년에 10개 부처의 13개 기관, 총 23개 기관이 지정․운영되어 오다가, 도입 5년째를 맞아 그 동안 제기된 제도운영의 성과 및 문제점을 반영하여 제도 취지에 부합하는 성격의 행정기관은 추가 지정하고(9개 부처의 26개 기관), 부적절한 기관에 대하여는 지정을 제외하여(2개 부처의 5개 기관), 현재 총 17개 부처의 44개 기관을 책임운영기관으로 운영하게 되었다.