2010년 이후로 공무원의 공금 유용, 횡령, 뇌물 수수와 같은 문제와 국가 재정에서 지출된 보조금, 출연금, 연구비 등을 유용하여 재정에 피해를 끼치는 사안에 대하여 규제를 강화 하고자 기존에는 없었던 제재 수단이 등장하였는데, 이것이 징계부가금과 제재부가금이다. 도입될 당시에는 제한적인 영역에서만 머물렀던, 새로운 형태의 부가금은 점차 다양한 영역에서 행정의 실효성 확보수단으로 확대되고 있다. 행정법상 의무 위반에 대한 금전적 제재로서 행정상 부가금은 기존의 행정법 체계에서는 이질적 성격을 갖고 있다. 과태료적 성격과 과징금적 성격을 동시에 갖고 있는 부가금은 종래 “행정형벌의 행정질서벌화”와 과태료와 과징금의 상대화와 결부되어, 행정의 실효성 확보 수단에 대한 기존의 논의에 의문점을 제기하고 있다. 또한 새로운 형태의 제재수단으로서의 부가금이 실제 그 제재목적의 달성이라는 실효성 측면에서 문제가 제기되고, 부가금의 부과 이후 징수율이 현저히 떨어진다는 점에서 이와 같은 행정제재금으로서의 부가금에 대한 재논의가 필요한 시점이다.
실제 부가금의 도입은 행정제재의 실효성 확보를 위해 다양한 방식의 제재 형식의 필요성에 대해서는 긍정할 수 있으나, 헌법재판소의 결정례에서도 보듯이 비례의 원칙을 준수하는 범위 내에 있어야 한다. 그럼에도 불구하고 징계벌의 일종인 징계부가금은 징계처분 부과의 목적인 신분상 이익의 제한이나 박탈이라는 목적에 부합하지 않은 측면이 있고, 징계에 따라 이미 보수상의 불이익을 받는 공무원에 대하여 다시 금전적 제재를 가한다는 측면에서 비례의 원칙에 반할 가능성이 있다. 제재부가금의 경우에는 과징금과 같이 행정법상 의무위반에 따른 경제적 이익을 환수한다는 측면에서 긍정적일 수 있으나, 출연금, 보조금의 목적 외 사용이 경제적 이익의 대상이 될 수 있는가 하는 측면에서 의문이 제기된다. 또한 제재부가금의 도입 목적이 기존의 출연금 및 보조금의 환수 혹은 반환 조치와 같은 행정적 제재와 국가연구개발사업이나 보조사업의 참여를 제한하는 등의 제재조치가 실효적이지 못해 이를 보완하는 데에 있다고 하더라도, 행정청은 행정상 금전급부의무의 위반에는 강제징수가 가능하다는 점에서 제재부가금을 징벌적으로 운용한다는 것은 헌법상 비례원칙에 역시 위반될 가능성이 있다.
따라서 입법정책적으로는 가능하면 이질적인 이와 같은 형태의 행정제재를 통해 기존의 법체계에 혼란을 가중시킬 필요가 없다는 점에서 장기적 관점에서는 폐지하는 것이 타당할 것으로 판단되고, 단기적으로는 과태료 등으로 전환하여 규정하는 것이 합리적으로 판단된다.
