검찰은 검사 동일체의 원칙에 따라서 모든 검사가 마치 하나의 신체를 가진 것처럼 검찰권을 행사하고 있으며, 그 권한 역시 수사지휘권, 독점적인 기소권 등 형사사법에 있어 독점적인 지위를 향유하고 있기 때문에 정치와 매우 친밀한 관계를 유지하고 있어서 검찰권의 오남용은 언제나 발생할 수 있다. 이로 인하여 검찰에 대한 여러 개혁 움직임은 큰 성과를 달성하고 있지 못하고 있기도 하다. 물론 검찰권 통제가 전무한 것은 아니다. 특히 이는 검찰의 소극적인 검찰권 행사인 기소독점주의와 기소편의주의라는 형사법 원리에 근거한 검사의 불기소처분에 집중되어 있다. 하지만 헌법재판소를 중심으로 미흡한 소송법적 차원의 규제에서 벗어나 헌법적 차원의 통제가 가해지고 있다. 헌법재판소는 설립 초기부터 불기소처분을 헌법소원의 대상으로 인정하면서 검사의 불기소처분에 대한 헌법적 통제에 적극적인 인장을 견지하고 있었다. 하지만 검찰의 적극적인 기소권 행사 즉 자의적인 기소처분에 대한 통제와 관련해서는 구체적인 조치가 마련되어 있지 않다. 다만, 기소법정주의를 원칙으로 그와 같은 검찰의 자의적인 기소권 행사에 대한 백가쟁명식의 논의가 존재하고 있을 뿐이다.
예를 들어 검찰의 권한 행사에 대한 외부적 견제장치로서 일본과 같이 검찰심사제도를 도입하거나, 검찰모니터링제도, 검찰옴부즈만 제도 등 시민에 의한 검찰권 통제의 방안이 논의되고 있으며 이는 2003년 7월부터 시행된 검찰 자체의 개혁방안에 따라 시민옴부즈만제도와 검찰모니터링제도가 시범실시된 바 있기는 하다. 하지만 당해 제도와 유사하다고 할 수 있는 국민참여재판에 있어서의 일반 시민의 참여가 과연 성공적인지에 대해서는 회의적인 견해가 많으며, 국민참여재판제도와 마찬가지로 검찰심사회 역시 심사회의 의결에 법적 구속력을 부여하기는 어려울 것으로 보이므로 당해 제도의 도입 가능성과 그 효과에 대해서는 낙관적인 전망만을 할 수는 없다. 또한 검찰권 통제와 관련하여 꾸준히 논의되고 있는 것은 특별검사제도인데 이를 통하여 검찰의 기소독점주의 및 기소편의주의에 대한 견제 장치로 기능할 수 있으며 검찰의 독단적 불기소처분을 회복할 수 있을 뿐만 아니라 독립적이고 공정한 수사를 확보하여 국민의 기본권보장을 확보할 수 있다는 점에서 검찰권 통제방안으로 지속적으로 제기되고 있다. 검찰에 대한 통제와 관련하여 고려할 수 있는 것은 고위공직자 비리수사처의 도입이다. 하지만 당해 방안들은 헌법과 관련 법개정 등을 요구한다는 점에서 많은 부담을 가질 수밖에 없다.
따라서 회계검사 특히 직무감찰권한을 향유하고 있는 감사원의 감사권한을 통하여 검찰권 통제를 도모해 봄직하다. 헌법과 감사원법상으로 공무원에 대한 합법성 통제뿐만 아니라 합목적성 통제 권한을 부여 받은 감사원은 자신의 현 권한을 통하여 검찰에 대한 통제를 유효하게 할 수 잇을 것이기 때문이다. 물론 준사법기관이라고 여겨지고 있는 검찰의 지위와 권한 특히 이에 따른 재량적 권한을 염두에 둔다면 감사 대상과 사유를 특정할 필요가 있으며 감사 기준을 마련하는 데에 있어 보다 엄격하게 할 필요가 있을 뿐만 아니라 감사 결과 통보와 관련하여서도 납득할 만한 결과를 신속하게 제시하여야 할 것이다.
