상법에서 ‘공정한 가액’은 주식매수청구권의 행사시 매수가격의 기준이 될 뿐 만 아니라 지배주주가 소수주주를 회사에서 축출하기 위하여 매수청구를 할 때 지급할 금액의 기준이 된다. 따라서 회사의 조직재편시 주식가치가 공정하게 평가되는가 여부가 회사법에서도 중요하고 특히 주주들의 권리와 관련해서 중요한 문제이다. 그러나 우리 상법에서는 이에 대해 “회사의 재산상태와 그 밖의 사정을 고려한 공정한 가액”이라는 추상적인 규정만을 두고 있어, 공정한 가액을 산정하는 데 어려움이 있다. 물론 세법과 자본시장법에서 주식가치평가에 대한 구체적인 규정을 두고 있기는 하지만, 각 법률이 추구하는 목적이 다르고 상법에서 공정한 가액이 논의되는 사안은 반대주주의 주식매수청구권행사시와 지배주주의 매도청구권행사시에 한정되므로 이를 그대로 적용하는 것은 문제가 있다고 본다.
주식가치평가방법과 관련하여 시장가치평가법, 델라웨어 가중평균법, 현금흐름할인법 등이 주로 논의되고, 각 국마다 어느 하나를 채택하고 있기 보다는 상황에 따라 다른 것을 채택하는 판결을 내리고 있다. 주식의 가치평가방법은 시간이 지날수록 새로운 방법이 개발되어지고 구체적인 사안에 따라 산정방법이 달라질 수 있으므로, 상법에서는 이에 대해 회사의 시장가치, 자산가치, 수익가치 등을 종합적으로 고려하여 공정한 가액으로 산정하라는 기본적인 원칙을 정하고, 개별 사안에서 어떻게 가중치를 두어 산정할지는 법원의 판단에 맡기는 것이 구체적 타당성을 기할 수 있을 것이다.
기업의 조직재편이라는 특수상황에서 주식의 가치를 평가하는 것이므로 공정한 가격이 되기 위해서는 시장가치를 유일한 평가기준으로 삼아서는 안 되고, 시장가치를 제한적으로 반영하되 소수파 할인은 배제할 필요가 있다. 주식가치평가를 하는 기준일은 조직재편에 대한 이사회 결의일 이전으로 하고, 가격산정의 기초가 되는 정보를 회사가 제공하도록 의무화 하는 방안을 입법론적으로 검토해 볼 필요가 있다. 또한 조직재편으로 인한 시너지 효과는 유형별로 나누어 반영하여야 공정한 가액이 될 것이다.